冷藏集装箱应注意温度读数的增加不会立即对货物的实际温度产生影响，也并不意味着制冷装置处于不稳定状态。电子数据记录除了温度以外，通常还会显示除霜间隔和持续时间。如果装货温度超过了设定温度，冷藏装置将会开始自动的将货物温度降至符合要求的温度水平。如果货物已经解冻，冷藏装置将会尝试降低货物温度但会持续频繁进行除霜。
冷藏集装箱脱离制冷时间：各种运输方式之间的交接可能出现短途运输或制冷系统故障，造成停止制冷。对冷冻和冷藏保鲜货物短时间地停止制冷状态是允许的。许多产品出现几小时的停止制冷可以接受，但并非所有货物都如此。对任何冷藏货物均不允许出现长时间地停止制冷。对特种货物和温度灵敏货物应保持制冷系统连续工作，避免任何温度波动造成货物质量下降。
冷藏集装箱制冷方式
机械压缩制冷：目前是一种成熟且应用广泛的制冷方式，分为电驱动和自容式动力直接驱动。目前可以满足海上运输的要求。为了解决陆地运输中的能源问题，可以配置发电机组或悬挂式电源。由于整套设备和系统的复杂性，维护工作量大，管理成本高。