冷藏集装箱除了货物的设定值和送风、回风温度外，温度控制系统还会以错误代码的形式提供有关系统问题的详细信息。货物温度可通过美国农业部（USDA）探测仪记录，安装该探测仪是为了符合美国农业部针对水果的运输的冷藏处理程序。托运人放置于所载货物中的数据记录仪也会记录大体温度。当冷藏装置失灵时，温度显示和数据记录将会展示一个逐渐稳定的温度上升直至终达到周围环境温度值过程。再次强调，感应器只会记录空气温度，而非货物温度。货物将会受到周围绝热材料一定的保护，防止受到外部空气温度的影响。
冷藏集装箱应注意温度读数的增加不会立即对货物的实际温度产生影响，也并不意味着制冷装置处于不稳定状态。电子数据记录除了温度以外，通常还会显示除霜间隔和持续时间。如果装货温度超过了设定温度，冷藏装置将会开始自动的将货物温度降至符合要求的温度水平。如果货物已经解冻，冷藏装置将会尝试降低货物温度但会持续频繁进行除霜。
冷藏集装箱运送冻结货时通常使用温度应不-18℃。通常英尺冷冻集装箱，平均降温速度为31.3℃ /h（空箱）；但装货后，由于货物热容量较大，降温速度会大大减慢，有时达到设定温度要求需要15-16h。若进货温度较高，则达到设定温度需要2-3天。