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扫描电镜可以研究岩土组成,构造和坚固性。可用来观测宇宙尘,陨石及月岩等的形态特征,构造,以便对推断其成因和认识宁宙提供了有效资料;可以对古微生物化石形态,排列方式进行研究,对测定地质年代及地层形成古地理环境等提供数据。

扫描电镜可用于观察生物的精细结构及复杂的立体表面形态。它可对藻类、花粉表面沟纹的精细结构,癌细胞的表面变化,细胞、细菌在生命周期中的表面变化进行观察。此外,扫描电镜与现代冷冻技术的结合(通过样品冷冻断裂暴露不同层面,如膜之间,细胞之间和细胞器之间的结构)可以获得生物样品完整的剖面,对研究一些生物样品的内部结构提供了支持

扫描电镜主要用于:观察纳米材料,材料断口的分析,直接观察原始表面,观察厚试样,观察各个区域的细节,大视场低放大倍数观察,从高到低倍的连续观察,观察生物试样,进行动态观察,从形貌获得资料等等。

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