柠檬酸在早期断奶幼仔日粮中的应用效果显著，柠檬酸掺杂在饲料中可以降低日粮pH值，使胃内pH值下降，提高酶活性。柠檬酸可在一定程度上引起日粮和胃肠道pH值降低，低pH值可使无活性的胃蛋白酶原激活成为有活性的胃蛋白酶，从而为幼仔营养物质的消化和吸收提供了适宜环境。断奶仔猪日粮中添加柠檬酸，小肠内容物质胰蛋白酶和淀粉酶活性明显提高。
此外柠檬酸调节胃排空速度，酸性食糜进入小肠后通过对小肠壁的化学刺激，使之分泌异胃素，凡反射性抑制胃运动，减慢胃排空速度和食物在肠道内移动速度，了食物在胃内的停留时间，使食物与胃液和唾液等消化液充分混合，有利于食物中营养物质的消化吸收。柠檬酸促进矿物质的吸收，柠檬酸在降低胃肠道内容物的pH值的同时，还能与一些矿物质元素形成易被吸收利用的络合物。柠檬酸是饲料抗氧化剂的增效剂，其作用机理是对饲料金属离子有封锁作用，使其不能起催化氧化反应的作用。
菌种的培养
在柠檬酸的工业生产中都采用微生物发酵法，而有的只有几种曲霉菌和酵母菌，其中黑曲霉菌是工业中具有竞争力的菌种，酵母中竞争力强的有解脂假丝酵母和季也蒙赤酵母等。
黑曲霉是在琼脂上培养的，在琼脂上成局限菌落，在室温下培养10~14天，成为丰富密集的孢子梗，菌落为黑色，有时也为深褐黑色。考虑到柠檬酸生产菌应具有产酸能力强和耐柠檬酸浓度高的特点，可采用酸性滤纸法、变色圈法和单孢子移植法将黑曲霉分离出来，以避免其他杂菌干扰，使其成为生产柠檬酸用黑曲霉。
酵母的培养可用于柠檬酸生产的酵母有解脂假丝酵母和季也蒙假丝酵母2种。前者有很强的分解脂肪的能力，较好的炭源是正烷烃。后者可由烷烃发酵生成柠檬酸，也可由糖类发酵生成柠檬酸，酵母发酵pH值为3.5~4.0。
柠檬酸是代谢过程中的中间产物。在发酵过程中，当微生物体内的酸水合酶和异柠檬酸脱氢酶活性很低、而柠檬酸合成酶活性很高时，才有利于柠檬酸的大量积累。
发酵工艺分表面发酵和固体发酵，按不同工艺制备不同原料的培养基，然后进行蒸料。蒸料的目的是将淀粉糊化，并进行灭菌。蒸料时要使物料受热均匀，蒸汽通畅，边蒸边加料，把料加在冒汽的地方，逐层加入。蒸好的物料要扬散摊凉，当温度降至37℃以下，即可补水接种，装盘发酵，发酵终点以酸度来决定，定期测定酸度，在酸度时出料，以免柠檬酸被分解。
柠檬酸是世界上用生物化学方法生产的产量的有机酸， 柠檬酸及盐类是发酵行业的支柱产品，主要用于食品工业，如酸味剂、增溶剂、缓冲剂、抗氧化剂、除腥脱臭剂、风味增进剂、胶凝剂、调色剂等。
柠檬酸清洗机理
柠檬酸对金属腐蚀小，是一种安全清洗剂，由于柠檬酸不含有Cl-，故不会引起设备的应力腐蚀，它能够络合Fe3+，削弱Fe3+对腐蚀的促进作用。
柠檬酸可溶解氧化铁和氧化铜，生成柠檬铁、铜的络合物，如果采用氨化的柠檬酸溶液，能生成溶解度很大的柠檬酸亚铁氨和柠檬酸高铁络合物，清洗效果非常好，柠檬酸以除铁锈为主，所以主要用于清洗新建的锅炉，柠檬酸与氨基磺酸、羟基乙酸或甲酸混用，可用来清洗锅炉中的钙镁垢和铁锈，柠檬酸与四乙酸（EDTA）混用，可用来清洗过热器。
柠檬酸及其物以其的理化性能，在化学清洗等许多领域都有很广阔的用途。
通常情况下，淀粉类物质为柠檬酸的主要来源。将淀粉质的原料粉碎，然后给粉碎的原料加入适量的水并搅拌，将拌合料进行发酵，发酵之后通过过滤得到滤液，在滤液中加入碳酸钙发生中和反应，过滤出柠檬酸钙，使用对柠檬酸钙进行酸解并过滤，对滤液进行离子交换脱色，之后浓缩、结晶，再干燥就得到了白色粉末状的柠檬酸。