她的主要的功能模块为：进货管理、销售管理、库存管理、GSP管理、连锁管理、财务管理、系统管理等。系统还提供了各种统计分析报表，并自动产生与进销存、应收、应付等相关数据的报警提示功能。
连锁管理包括了总部管理、远程管理。连锁管理里的各个模块实现了总部与终端之间的药品配送。
财务管理包括有帐务处理、固定资产、工资管理、出纳管理。这四个业务模块已经包含了财务系统里面的所有功能，并且《宝芝林》的进销存和财务是有机地结合在一起，可以轻松地实现业务单据地相关数据生成财务凭证。
系统管理整合了整个系统的所有参数和各项功能的设置，影响整个业务功能的设置，小到系统界面颜色搭配都可以在此找到相关的参数。