报关是国际物流中的另一个重要环节。当货物跨越国家边界时，需要进行相关的报关手续，以便合法进出口。报关涉及到货物的申报、税费的缴纳、相关文件的准备等一系列程序。不同国家和地区的报关规定和流程各不相同，因此，在国际物流中，报关事务需要的报关代理或人员来处理，以确保合规和顺利通关。
第三国转口与直航的成本比较
直航方式：成本=直航海运费+正常关税+反倾销税
转口方式：成本=头程海运费+中转换柜配套文件费+二程海运费+正常关税
从中国直航到进口国目的港的情况，进口商清关前的海运费非常简单，就是一个直航海运费。但是，在清关时，要被征收双重关税，一是正常关税，二是反倾销税，比如说对中国自行车的正常关税是7%，对中国自行车的额外反倾销税却是48.5%。
经过第三国中转的情况，全程海运由头程和二程两程海运构成，中间还有一个在中转港的换柜操作，由于在中转港换柜的同时，配套了第三国原产地证书及相关的整套出口文件，二程提单的Shipper变更为第三国CO的申请人，二程提单签发的启运港为中转国港口，以此来避开针对中国产品的反倾销税。
货代的业务流程
一、询价
1货主询价，引发货运流程
2.货代向船公司询价
3.货代向货主报价
4.货主传真订舱委托单，即货主与货代的委托契约
二、货代订舱
5.货代审核订单为货主选择合适的船公司
6.货代订舱，缮制自己的订舱委托单
7.船公司给货代定单号(适航提单)
三、牵涉到的报关，商检及拖车等环节
8.货代凭货主的装箱单发票向海关申请
9.安排拖车去工厂装箱并运到场地
以上操作部分结束
四、船公司按排上船
1. 确认提单内容，告诉货主船况
2. 缮制提单过程，核对费用
3. 箱上船后，第二天可以向船公司索要提单(付款提单)
4. 船公司签发海运提单，
5. 向货主收取费用，发提单给货主
6. 如果是自己缮制提单，在目的港请代理收回自己的提单.
7. 有代理的需提出发出货预报，包括货到时间，地点等，并缮制自己的有关费用
8. 货主在两年内可调用单据查询.(单据低保存两年.)
揽货期间应向询价货主问明一些类别信息，如：
1、 发货人
2、 收货人
3、 通知人
4、 品名（中英文）
5、 目的港、中转港
6、 柜型柜量，超重柜特殊说明（如为特种柜，则需详细的货物尺寸，长*宽*高，毛重，体积等，有时还需要更为详细的货物装柜次序，及摆放示意图。）各项型大体积为：( 长*宽*高 ) 可装体积， 可装重量
1×20’GP=31CBM 6*2.38*2.38 25 17MT
1×40’GP=67CBM 12*2.38*2.38 55 25MT
1×40’HC=76CBM 12*2.7*2.38
1×45’GP=86CBM
（注：GP general purpose 普通箱；CBM cubic metre 立方米；MT metric ton 公吨 ；HC high cubic 高箱）
7、 危险品、冷冻货特殊说明
8、 装运期限（是否有信用证要求）
9、 配载要求（出船证等）
10、货物交运日期以及交运方式
11、运费结算方式（预付、到付金额），是否第三地付款
12、是否船东
13、是否有要求申请目的港N天免柜期
14、提单签发时是MB/L还是HB/L，是否第三地签单
航线主管与船东/货代谈妥运价，且货主接受业务员报价后，签署出口货物代理委托书S/O（订舱单），业务员便可订舱，至文件部门打印一份无格式的托运单，并在上面标注明船期、运费、柜型柜量、及货主的特殊要求、我司订舱人电话，传真等。托运单传毕后，便可向船东催传订舱确认。
同时，业务员填写完整的公司业务封皮，并标注清楚各项费用的成本数额拖车公司，报关行及其电话传真。
四、航线主管取得船东回复的订舱确认后，在封皮上补上提单号、船名航次，交由OP操作。
五、突发情况的处理方法。
1、由于货主原因要求更换到下一航次将原先订舱的确认回传通知船东退载该票，并重新订下一航次的舱位，若运价有所变动应及时告知业务员，与货主协商。
2、货主要求申请目的港10~14天免柜期与船东联系，确定可以申请到免柜期的具体天数N，并出具一份申请目的港N天免柜期的申请书（加盖提单上SHOPPER公章），FAX给船东。再由其向目的港申请，直到确认。
3、非危说明如若货物品名为化学物品，但是非危险品，而船东有要求说明，则需出具非危险品说明， 加盖提单上SHOPPER公章。
4、提柜后，船东换船或货主要求换船凭原订舱确认向船东退载，重新订舱，取得新订舱确认，并向船东出具一份套柜申请，加盖货代公章。注明原资料的船名航次(MV。)、提单号(OB/L)、启运港/目的港(POL/POD)、集装箱号/柜型（CNTR#）需套柜至新船名航次、新提单号。