在堆粪仓中，动物粪便会经过一定时间的堆积和发酵，微生物会分解粪便中的有机物，产生热能和气体。经过一段时间的处理，粪便会分解成稳定的有机肥料，具备较高的养分含量和良好的肥效。同时，堆粪仓中的发酵过程也会产生大量的沼气，可用作燃料或发电。
粪垛可分为条垛模式和槽体模式。条垛模式可直接建在防渗漏的地面上，四周外围要均匀密实的压匀，无漏风点，防止雨水渗入粪垛底部，通风系统位于地面，土建成本较低。槽式模式需在防渗漏的地面上建好1.8米左右的堆粪场，将膜四周拉绳拉紧固定在堆粪场墙体挂钩上即可，处理能力可提高30%，土建成本较高。建粪垛时从一侧或一端开始，一次性堆至设定高度，不要拍打或压实物料堆，垛形规整，居于风管的正上方，风机要一直处于运行状态。堆好后，温度计插入堆体内，上面铺设膜覆盖系统。
堆粪仓一般由以下几个部分组成：
1. 储存区：用来堆放动物粪便和其他有机废弃物的区域。这个区域通常有一定的容量，以便储存足够的材料进行堆肥过程。
2. 通风系统：为了降低气味和促进堆肥过程，堆粪仓通常会配备通风系统，以提供充足的空气流通。
3. 排放系统：堆粪仓中产生的液体废水通常需要进行处理和排放。为此，堆粪仓通常会有排放系统，将废水引导到相应的处理设施中。
4. 遮蔽设施：为了避免雨水进入堆粪仓，以及保护储存区的堆积物不受外界环境的影响，堆粪仓通常会有遮蔽设施，如棚顶或防水罩。