冷藏集装箱装箱前准备工作：根据不同易腐货物应确认下述事项：理想温度设定;新鲜空气换气量设定;相对湿度设定;运输总时间;货物体积;采用的包装材料和包装尺寸;所需的文件和单证等。
装箱前及装货时应注意：设定的温度应正确;设定的新鲜空气换气量应正确;设定的相对湿度应正确;装箱时制冷系统应停止工作;箱内堆装的货物应低于红色装载线和不超出T型槽的垂直面;箱内堆装的货物应牢固、稳妥;箱内堆装货物的总重量应不超过冷箱允许载重量;冷藏集装箱装货后总重量(包括附属设备的重量)在运输途中不应超过任一途经国的限重。
冷藏集装箱应注意温度读数的增加不会立即对货物的实际温度产生影响，也并不意味着制冷装置处于不稳定状态。电子数据记录除了温度以外，通常还会显示除霜间隔和持续时间。如果装货温度超过了设定温度，冷藏装置将会开始自动的将货物温度降至符合要求的温度水平。如果货物已经解冻，冷藏装置将会尝试降低货物温度但会持续频繁进行除霜。
为了解决集装箱进出口不平衡的问题，船公司通常要向出口大于进口的地区调拨大量空箱。由于空箱的调拨要增加大量调拨成本，船公司在空箱调拨进口至空箱装货出口的过程中更应加强集装箱管理，避免超期箱的出现。在集装箱运输中空箱由进口到出口的整个流程可以归结如下：
冷藏集装箱船舶进港→空箱卸船→码头堆存→集装箱车队拖箱→空箱进堆场→发货人提箱→装箱→重箱进港区→装船。