内藏式冷藏集装箱是在隔热结构集装箱内安装冷冻机，无论在 船上、码头、陆运中，只要供给电源，箱内即可保持果蔬运输所需 温度。内藏式冷集装箱目前都采用自动调节温度，一般保持在零下 28°C的温度范围，所以应用较为广泛，效果也佳。
冷藏集装箱广泛采用机械式制冷装置，分为制冷式和冷藏式两种。冷冻式冷藏集装箱箱内温度在-18℃以下，用于运输冷冻食品，如猪肉、牛肉、鱼和家禽。冷藏式冷藏集装箱箱内的温度一般为5℃~16℃，适合水果、蔬菜、花木等运输。国际间通用的冷藏集装箱一般是冷冻冷藏箱。冷冻装置和加热装置可以根据使用要求任意调节箱内温度，可以运输冷冻食品，可以运输冷却食品或其他货物。
很多货主在出口冷藏(冻)货物装箱时，喜欢将集装箱预冷至设定温度，这种做法其实是不科学的，对货物和集 装箱都有可能带来影响，从而不能的集装箱冷藏(冻)运输。原因是，如果装货前预冷过集装箱， 那么在打开柜门准备装货时，外界高温度、高湿度的空气将会大量地进入柜内与低湿度、低温度的空气汇合，这 会使得大量的水珠凝结在集装箱内壁上，这些水珠不仅会滴到货物的外包装上从而影响外包装的美观，而且会影 响集装箱制冷系统的运作，从而有可能对货物品质带来不利影响。因为这些冷凝出来的水份由集装箱制冷系 统中的蒸发器来排除，而这些冷凝出来的水份经过蒸发器盘管时会结冰、这将使得制冷系统进行一次短暂的除 霜过程。另一方面，蒸发器还除去以下三部分热量：装货时通过柜门而直接进入柜内的热量；穿过柜壁而透 进柜内的热量；鲜货活货因新陈代谢而不断产生的热量。可以想象，如果冷藏集装箱需要除去额外热量和湿度越 多，那么主要应用来冷却货物本身的制冷量会越少。