冷藏集装箱的货物检查，在装箱之前应对冷藏水果和蔬菜的温度以及冷冻货物的中心温度进行检测。还应检查水果和蔬菜是否存在比如发霉、枯萎、脱水、萎蔫、褪色、软点、破皮和脱皮、擦伤、和发臭等冷藏前的损坏。对于冷冻货物还应检查其是否有脱水、干燥、移位、发臭、黑斑和颜色改变，以及是否有因温度升高解冻后又重新冷冻的迹象。还应检查纸箱、托盘和其他包装物状况是否良好，是否能够在整个海运过程中保护货物状况。
冷藏集装箱温度记录：
数据记录仪监测冷藏货舱的送风和回风温度，该数据存在电子存储器中。该存储器也记录预检结果和报警情况，以及一系列与控制器和电力装置的数据交流情况。这些数据可直接下载到电脑中，进而可进行打印，存储或者作为邮件附件形式发出。如果数据记录仪能够记录“开始行程”信息，该信息应当包括货物的来源地及其目的地。同时应检查确认其日期和时间信息是否准确。
冷藏集装箱除了货物的设定值和送风、回风温度外，温度控制系统还会以错误代码的形式提供有关系统问题的详细信息。货物温度可通过美国农业部（USDA）探测仪记录，安装该探测仪是为了符合美国农业部针对水果的运输的冷藏处理程序。托运人放置于所载货物中的数据记录仪也会记录大体温度。当冷藏装置失灵时，温度显示和数据记录将会展示一个逐渐稳定的温度上升直至终达到周围环境温度值过程。再次强调，感应器只会记录空气温度，而非货物温度。货物将会受到周围绝热材料一定的保护，防止受到外部空气温度的影响。
在使用冷藏集装箱的时候如果是长距离运输，那么箱内的温度差不能超过3度，这样才可以箱内的温度保持在一个恒温的状态。如果是运输新鲜的水果或者是蔬菜，那么要及时打开新风口，可以进行通气。
想要使用冷藏集装箱，但是并不是经常使用集装箱，但是如今集装箱的价格还是比较昂贵的 ，那么很多厂家会想到购买二手集装箱，从而可以大大减少使用成本，但是在购买二手集装箱的时候还是有很多方面是需要考虑到的，从而可以选择出适合的二手冷藏集装箱。
二手冷藏集装箱的冷藏制冷能力有限，主要用于保持货物温度。也是说，人们把-20℃的货物装进去，它能保持货物在-20℃，地运送到目的地；人们把5℃的货物装进去，它能保持货物在5℃下地运送到目的地。如果把常温下（20℃）的货物，直接装箱并要求它冷冻到-20℃，将无法实现。因此，货物在装入二手冷藏集装箱之前需先降温到温度。