酶制剂的用途极为广泛，主要用作医药中间体、食品加工用添加剂及家畜家禽养殖的生长促进剂。此外，在纺织、轻工、皮革、造纸、采油、建筑、环保、等行业中也都有应用。
酶制剂的应用种类有淀粉酶、蛋白酶、糖酶、过氧化氢酶和纤维素酶等，用量大的是淀粉酶和蛋白酶，约占酶制剂消费总量的70%—80%。淀粉酶主要用于面包生产中的面团改良、婴幼儿食品中的谷类原料的预处理、啤酒制造中用于糖化和分解淀粉、果汁加工中的淀粉分解和提高过滤速度，以及用于蔬菜、糖浆、怡糖、葡萄糖、粉状糊精等食品的加工制造。
酶制剂行业是高技术产业，它的特点是用量少、催化、专一性强，是为其他相关行业服务的工业。其应用领域遍及轻工、食品、化工、医药、农业以及能源、环境保护等方面。