玛瑙石有自然色的，也有后加工染色的。玛瑙的自然色很丰富常见的有如下几种颜色：
（1）红玛瑙：红是玛瑙的一种主色，一般玛瑙呈褐红色、酱红色、黄红色。有些玛瑙颜色表现不均匀，像南红玛瑙，其内部就有红色的点。
（2）蓝玛瑙：以淡蓝色为主，色较深时透明度较差，有时在蓝色玛瑙中分布一些其他色彩鲜艳的纹带。
（3）绿玛瑙：天然产出的绿玛瑙少见，者更为，价格也相对提高。
（4）紫玛瑙：紫色玛瑙较为少见，紫色有深有浅，其中以葡萄石多，这类玛瑙质地较粗，常常为半透明状，但内蒙狼血玛瑙紫色较为细腻。
（5）黑玛瑙：以黑色为主，微带青色或灰色，多数为半透明状。
（6）白玛瑙：呈乳白色或浅灰色，常与无色透明状玛瑙构成同心纹状、条带状。中间常有石英夹层。
（7）灰玛瑙：为深灰色、浅灰色或青色，有的具有不明显的同心条带，内部常有石英夹层或砂心。
（8）黄玛瑙：通常为淡黄色、橘黄色、褐黄色及浅黄色，有时与粉红、淡红、淡灰色玛瑙夹层构成美丽的纹带。
真玛瑙色泽鲜明光亮，假玛瑙的色和光均差一些，二者对比较为明显。天然玛瑙颜色分明，条带花纹十分明显，而仿制的假玛瑙多数颜色艳丽、均一，给人一种假的感觉。假玛瑙多为石料仿制，较真玛瑙质地软，用玉在假玛瑙上可划出痕迹，而真品则划不出。从表面上看，真玛瑙少有瑕疵，劣质则较多。真玛瑙透明度不如合成的透明度高，稍有混沌，有的可看见自然水线或“云彩”，而合成的玛瑙透明度好，象玻璃球一样透明。
阿拉善戈壁玛瑙是戈壁玛瑙的一个重要组成部分，主要分布于内蒙古以及外蒙古的广阔的戈壁滩上，其中内蒙古阿拉善左旗地区发现的玛瑙石品质优，并早被人发现和推广因此人们给这一石种命名为阿拉善玛瑙。阿拉善玛瑙质地坚硬、色彩丰富，在经历了亿万年风沙磨砺、日晒雨沁形成了千姿百态的奇特面貌。正因为阿拉善玛瑙的色彩丰富绚丽形态千奇百怪因此受到越来越多的藏石爱好者喜爱和珍藏。阿拉善玛瑙主要可分为雕料和奇石两大类，雕料质地细腻色彩丰富，带俏色的玛瑙受雕刻师的青睐；奇石，主要以造型奇特稀有和象形两大类为主。
阜新盛产玛瑙，不仅色泽丰富，纹理瑰丽，品种，而且还产珍贵的水胆玛瑙。阜新县老河土乡甄家窝卜村的红玛瑙和梅力板村前山的绿玛瑙极为珍贵。阜新玛瑙加工业尤为发达，其作品连续几年获得全国宝玉石器界"天工奖"。
由于古代玛瑙能使人隐身的传说，使玛瑙几千年来倍受人们的推崇和爱戴。因为玛瑙美丽的外表和坚韧的质地，人们把她作成装饰品和实用品。玛瑙是已知的古老的玉石之一，这一点从玛瑙广泛用于古苏美尔人和埃及人的符、容器及装饰件中都可以得到证明。在罗马时代，玛瑙凹雕（阴雕玉）图章和戒指特别受人们的垂青。玛瑙是《圣经》中记载的 “火之石”之一（《旧约》）。《圣经》中有把玛瑙赠予给摩西和在亚伦胸甲上配戴的记载（《出埃及记》）。玛瑙系列之---红条纹玛瑙是耶路撒冷城墙地基石所用到的十二种宝石之一（《启示录》）。根据早期作家Caesurae主教安德鲁的解释，耶路撒冷十二种宝石分别象征了十二个基督传教士，红条纹玛瑙象征的是詹姆士传教士。
按包裹体分类：
南红玛瑙：主要产自云南保山、四川凉山和外蒙古等地。其中，凉山的南红品质，少裂且色泽艳丽；而保山南红的胶质感强，油润度高。
战国红玛瑙：以辽宁朝阳的北票料和河北宣化料为主，前者更佳。其特点为红色和黄色两种颜色发暗并多拉丝结构。
苔藓玛瑙或苔纹玛瑙：内部含有树枝状或苔藓状花纹，常见有水草玛瑙和樱花玛瑙等品种。