机械式冷藏集装箱也有一些缺点：如设备复杂、初始投资大、维修费用高；箱内温度梯度要大于液氮冷藏集装箱；箱内需设风机、风道系统，会增加箱内货物的干耗、脱水。
冷藏集装箱的使用要求：
冷藏箱装货后应检查冷藏或冷冻货的原有质量，并在货单上加以说明。
在装箱过程中，应严格装货堆码原则，避免冷风短路造成降温不平衡，降冷装置的制冷效率。
使用冷藏集装箱的时候，要注意在冷藏箱装满货之后检查一些原有的质量，这样才会确保质量是合格的。在装箱的过程中，要按照装货堆码的原则，这样才可以更好的避免冷风短路降温的情况，从而可以提高制冷设备的制冷效果。