招标代理结构的立性差同时也极易促成代理机构、招标方与投标方三者之间相互勾结，影响甚至操纵招投标结果的不利局面。在对招标代理机构进行审计时，审计人员应对代理机构、招标方与投标方三者之间的往来和关系进行审查。
在进行招投标审计时，审计人员常采用的审计评价体系一般包含内容较不全面，并且评价体系中所含定量指标较少，于是就会产生随意性较大、主观判断过多等缺点，在很大程度上会影响到评价结果的公正性。这是因为参与招投标审计工作的大多数审计人员的多复合度不强且他们的胜任能力也不高。他们之间很少有人能综合运用工程、财务、法律等多方面的知识从多角度来思考构建招投标审计的评价体系，从而导致现有评价体系不能科学、全面地对招投标活动进行评价，严重制约着招投标审计的质量与发展。所以审计人员在提升自身素养的同时，还要不断完善招投标审计评价体系，增加定量指标，减少定性指标，使审计结果更加客观，公正。
审计的内容主要是标底是否保密，投标条件中的图样和材料是否符合建设项目可行性研究报告的要求，是否有利于工程的技术水平和工程质量、节约投资并具有吸引能力和竞争性等。