在食品的生产过程中，控制潜在危害的先期觉察决定了HACCP的重要性。通过对主要的食品危害，如微生物、化学和物理污染的控制，食品工业可以更好地向消费者提供消费方面的安全，降低了食品生产过程中的危害，从而提高人民的健康水平。
实施HACCP体系有以下性：
1、强调识别并预防食品污染的风险，克服食品安全控制方面传统方法（通过检测，而不是预防食物安全问题）的限制；有完整的科学依据。
2、由于保存了公司符合食品安全法的长时间记录，而不是在某一天的符合程度，使部门的调查员效率更高，结果更有效，有助于法规方面的人士开展调查工作。
3、使可能的、合理的潜在危害得到识别，即使以前未经历过类似的失效问题。因而，对新操作工有特殊的用处。
4、有更充分的允许变化的弹性。例如，在设备设计方面的改进，在与产品相关的加工程序和技术开发方面的提高等。
5、与质量管理体系更能协调一致，有助于提高食品企业在市场上的竞争力，提高食品安全的信誉度，促进贸易发展。
HACCP是决定产品安全性的基础，食品生产者利用HACCP控制产品的安全性比利用传统的终产品检验法要可靠，实施时也可作为谨慎防御的一部分。HACCP作为控制食源性疾患为有效的措施得到了国际和国内的认可，并被FDA和世界卫生组织食品法典批准。
在证实HACCP体系运作正常、产品的组成和可追溯性方面，微生物测试具有重要意义。通过追溯微生物测试数据，当生产不能得到有效控制或预防措施未能有效降低细菌水平的时候，公司能够识别。而单纯的终产品测试效果就差得多了。例如，对于生肉和家禽的细菌含量水平，就没有充分的数据用来判断什么情况是可接受"的。因而，终产品测试结果不能提供有用的数据，更不用说趋势分析，除了能证明当时的细菌的含量之外，它不能解决、识别并消除食品污染问题。
认证益处
· 改善内部过程
· 通过定期审核来维持体系运行，防止系统崩溃
· 通过对相关法规的实施，提高声誉，避免认证企业违反相关法规
· 认证能作为公司的敬业依据，降低负债倾向
· 当市场把认证作为的准入要求时，增加出口和进入市场的机会
· 提高消费者的信心
· 减少顾客审核的频度
· 与非认证的企业相比，有更大的竞争优势；
· 改善公司形象。
鉴于HACCP是一个安全控制体系，因此其认证证书有效期通常多为一年，获证企业应在证书有效期内HACCP体系的持续运行，同时接受认证机构至少每半年一次的监督审核。如果获证方在证书有效期内对其以HACCP为基础的食品安全体系进行了重大更改，应通知认证机构，认证机构将视情况增加监督认证频次或安排复审。