因为水的换热效远远地超过气体的换率，水冷式冷水机组的能效等级风冷式冷水机组高。风冷凝器与同样换发热量的水冷式冷凝器对比，机器设备容积大，常用原材料多，制造成本较高。水冷式冷水机组即便再加上冷却系统的机器设备花费，其成本费仍旧比内冷式机组低15-20%上下。工业冷水机，此外，因为风冷式机组的机器设备为名输出功率比水冷机组的为名输出功率大，在电力工程扩容、电机控制机器设备等层面的花费也较高。
在制冷制热切换方面，风冷机组是冷媒环路通过四通阀切换流动方向。将冷凝器和蒸发器互换。夏季热量从室内传递到室外，冬季则从室外吸热到室内。而水冷机组不具备蒸发器和冷凝器互换能力，所以接冷却塔的机组没有制热的功能（需要外接锅炉）。热泵式机组要切换冷冻水和冷却水环路，在机房内要增加8个水路切换阀门。夏季冷水进屋，热水进外部盘管。冬季热水进屋，冷水进外部盘管。
空调冷却水对水质的要求幅度较宽，主要应从冷却水对设备腐蚀，积垢堵塞及设备清洗难易等情况考虑，其参考指标见下表针对以上分析，冷却水在冷却塔内蒸发散热的过程中水质不断发生变化，引起积垢、腐蚀和堵塞，目前，空调冷却补水多采用自来水，对于大型的空调冷却水系统，仅靠补充少量自来水是不起作用的，冷水机冷却水进行处理。
冷水机组循环冷却水处理，由于空调冷却水系统的结垢、腐蚀和藻类滋生不是在短期内形成的，也不会在短期内对系统有破坏性的影响，所以，往往得不到运行管理人员足够的重视。另外.由于空调冷却水系统比较简单，设计人员对其重视不够，并且，冷却水的处理是给排水和暖通均相关的，而冷却水系统多是由暖通人员搞，所以，难免造成先天设计不尽合理.在设计过程中针对空调冷水机冷却水系统易结垢腐蚀和菌藻滋生的特点，其处理方法也与冷冻水系统有所不同。
冷水机自身原因导致的运行噪音，风冷机和水冷机由于构造上的不同，前者较后者来说更容易产生“噪音”。各位知道，风冷机是通过风机为冷凝器散热的，而水冷机则是通过冷水塔系统为冷凝器散热，相比于冷水塔的噪音（一般置于高处，与水冷机并不在同一位置），风机噪音更大且与冷水机主机一体，所以更容易感觉到噪音存在（可清理分析叶片或为轴承加注润滑油）。
安装环境与位置会引起噪音问题,如果工业冷水机处于比较狭小的环境中，则噪音会被“放大”。狭小的环境会让工业冷水机的正常运行声音变大，听上去会超过正常运行的声音，建议不管是风冷机还是水冷机，一律安装在较为空阔的环境中，并且周边没有杂物异物，对环境声音有较高要求的话，可安装隔音墙，并保持通风散热。