专项审计是审计人员对被审单位特定事项进行的审核、稽查。如： 对企业的审计，只审查企业经济活动，如是否偷税、漏税。现金业务是否符合现金管理规定，某项经营是否合法、有效等等。专项审计如能与资金平衡表审计或详细审计配合，可以收到更好的效果。
年度审计是对企业全面的审计，具体项目也包括在内，专项审计调查，指审计机关主要采用审计的方法，对与财政收支、财务收支有关或者本级人民交办的特定事项，向有关地方、部门、单位和个人进行的调查活动。
专项审计调查的目的是为上级经济决策提供依据，因此作出审计调查结论和提出审计调查建议要在上级有关部门作出决策之前，否则就会错过时机，使审计调查失去了应有的价值。