冷藏集装箱在制冷过程中经常会出现一些故障，导致这些故障的原因很多，比如如果冷藏集装箱正在运行的时候，发现设定的温度和人工在实测的温度相同，但是冷藏箱温度记录表盘显示的温度和前者相差很大，表明温度感温探头坏了。还有其他故障的原因，但是不管是什么原因都要做好检查和维修的准备。
冷藏集装箱装箱前准备工作：根据不同易腐货物应确认下述事项：理想温度设定;新鲜空气换气量设定;相对湿度设定;运输总时间;货物体积;采用的包装材料和包装尺寸;所需的文件和单证等。
装箱前及装货时应注意：设定的温度应正确;设定的新鲜空气换气量应正确;设定的相对湿度应正确;装箱时制冷系统应停止工作;箱内堆装的货物应低于红色装载线和不超出T型槽的垂直面;箱内堆装的货物应牢固、稳妥;箱内堆装货物的总重量应不超过冷箱允许载重量;冷藏集装箱装货后总重量(包括附属设备的重量)在运输途中不应超过任一途经国的限重。
冷藏集装箱除了货物的设定值和送风、回风温度外，温度控制系统还会以错误代码的形式提供有关系统问题的详细信息。货物温度可通过美国农业部（USDA）探测仪记录，安装该探测仪是为了符合美国农业部针对水果的运输的冷藏处理程序。托运人放置于所载货物中的数据记录仪也会记录大体温度。当冷藏装置失灵时，温度显示和数据记录将会展示一个逐渐稳定的温度上升直至终达到周围环境温度值过程。再次强调，感应器只会记录空气温度，而非货物温度。货物将会受到周围绝热材料一定的保护，防止受到外部空气温度的影响。