专项审计报告应包括以下主要内容：
一．说明部分
1．说明委托方名称（被审计企业名称）及委托目的（审计目的）；
2．说明会计责任、审计责任、审计依据。
基金项目合同及相关规定
1．项目申报时间、项目名称、合同签订时间、立项代码、取得创新基金资助金额及资助方式。
2．项目投资总额。
3．创新基金用途。
4．项目合同规定的各项经济指标情况。
基本要求
一．审计报告由具有资格的会计师事务所出据；
二．审计报告由两名注册会计师签字、盖章和加盖事务所公章；
三．审计报告加盖骑缝章或每页加盖章；
四．上报的审计报告是原件；
五．附事务所营业执照副本（复印件）。
审计报告是注册会计师对财务报表是否在所有重大方面按照财务报告编制基础编制并实现公允反映发表实际意见的书面文件，因此，注册会计师应当将已审计的财务报表附于审计报告之后，以便于财务报表使用者正确理解和使用审计报告，并防止被审计单位替换、更改已审计的财务报表。
注册会计师应当根据由审计证据得出的结论，清楚表达对财务报表的意见。注册会计师一旦在审计报告上签名并盖章，就表明对其出具的审计报告负责。
现金流量表审计
审查内容包括∶
（1）检查现金流量表是否按照有关企业会计具体准则的规定编制。
（2）检查现金等价物的确定是否恰当。
（3）检查企业经营活动、投资活动和筹资活动中现金流入流出量的计算是否完整、准确。
（4）检查是否正确计算汇率变动对外币现金流量的影响。
（5）检查不涉及当期现金收支但对企业财务状况或未来现金流量产生影响的重大投资活动、筹资活动是否在现金流量表附注中加以说明。
此外，对于存在子公司的企业而言，还需根据要求对合并报表相关内容进行审查。
民办学校审计报告、养老院审计报告、医院审计报告、培训学校审计报告、非赢利机构评估报告、商会协会审计报告、银行围标审计报告、招投标审计报告。