笔迹鉴定仅仅凭借肉眼与经验识别，其可靠性有很大的局限性，也存在困难并很难形成说服力，现在行业内都通过辅助性的便携式视频显微镜来进行现场 识别!如Anyty的MSA200\WM401TV等显微镜识别可把微小的东西放大，在100-200倍率左右就可很清晰看到宣纸的材质、墨迹的深浅力度等信息，在显微镜下一目了然。
笔迹鉴定机构需要对检材和样本的字迹进行比较分析，制作《笔迹特征对比表》，对检材与样本字迹反映出的笔记特征的异同情况、变化范围、变化程度、变化形成原因等逐一分析比对。一般的比较方法有：直接目测比较、现为观察比较、用测量工具或软件进行测量比较、重合比较、运用统计学原理和方法进行异同情况的统计分析。
笔迹鉴定需要查验物证笔迹是否清晰完整，有无检验条件。凡具有检验条件的虽然检验条件差些也要尽可能利用现有条件予以鉴定，而对那些字数很少又模糊不清确已失去检验条件的可以不予受理。