鸽子粪有一很高的药用价值，将晒干鸽子粪用纱布包起来，放入盘中加入开水，先利用水蒸气对的部位进行熏蒸，等水温凉下来的时候再用水洗，每天洗上两三次，对特别有效。
虽然鸽子粪对于人来说是一个大麻烦，但是在16-18世纪的欧洲却被当作无价之宝，当时鸽子粪被认为是比农家肥要有效的肥料。以至于会有武装警卫守护在鸽子窝的周围，防止小偷偷走鸽子粪。
不但如此在16世纪的英国，鸽子粪还是已知的硝石来源，而硝石是制作黑色火药的重要成分。在伊朗，食用鸽子肉是被禁止的，鸽子窝就是为了收集鸽子粪当作肥料种植瓜果，而在法国和意大利则用来培养葡萄和麻类作物。
鸽粪在发酵处理过程中，伴随着微生物的大量快速繁殖和一系列复杂的生化反应过程，微生物在繁殖过程中会产生大量的代谢物质（如酶、激素、抗生素，这些物质是生物体本身自然所产生的，不是外来的化学激素抗生素，只有好处而无任何毒副作用），其中激素可刺激作物快速生长发育；而抗生素则能明显抑制土传病菌的传播，提高作物抗病、抗逆性能。
一般情况下，鸽子粪需要经过发酵后再使用，不能晒千后直接使用，因为鸽子粪在土壤中发酵会产生大量的热量，导致植物烧根。如果想要直接使用，应当和作物的根系保持一定的距离。对蔬菜施肥，先挖一个深坑，然后用三明治法覆盖土壤。对果树施肥，先在果树周围挖环状浅沟，深0.1m，再将鸽子粪施入沟中，覆土。
鸽子粪是一种极为的有机肥料，它不仅富含大量的氮、磷、钾等营养成分，而且还含有多种微量元素和有益菌群，对植物的生长发育有着显著的促进作用。但是，鸽子粪的直接使用会存在气味难闻、含水量高、营养不均衡等问题，因此，将其进行发酵处理，可以大大提高其肥效和利用率。
鸽子粪发酵的原理
鸽子粪发酵的原理是利用有机物质在微生物的作用下，分解产生热能和气体，从而使得有机物质发生变化，变成适合植物生长的有机肥料。发酵过程中，通过控制温度、湿度、通风等条件，可以有效地杀灭有害菌群，提高有益菌群的数量和活性，增加有机肥料的稳定性和肥效。