过程控制
利用堆肥设备调控堆肥参数，过程控制参数包括通风、温度以及氧气浓度。
1.温度控制。发酵过程中，测定堆层温度的变化情况。堆体发酵温度应控制在55℃~70℃，当堆体温度超过75℃时，应进行翻堆或强制通风；堆层各测温度均应保持在55℃以上，且持续时间不得少于7d，发酵温度不宜大于75℃，而且在65℃~70℃的高温期维持3d以上。覆膜发酵周期内，堆肥温度达到60℃以上，保持7d~10d可翻堆1次。翻堆时需均匀，应尽量将底层物料翻入堆体中上部，以便充分腐熟。注:在堆肥发酵第10天建议翻堆1次，提高发酵效果，收益。
2.水分控制。随着堆肥发酵含水率逐渐下降，到覆膜发酵结束时含水率应在35%~45%。
3.氧气浓度控制。发酵过程中，应进行氧气浓度的测定。通过强制通风使堆体内氧气浓度保持在8%以上，宜控制在10%~15%。跟踪耗氧速率，及时调整通风量，标准状态下的风量宜为0.05Nm3~0.20Nm3/min·m3；风压可按堆层物料每增加1m，风压增加1.0KPa~1.5KPa选取。通风次数和时间应发酵在适宜条件下进行。注：发酵初期，通风量以膜鼓起且膜可压住为主，但后期以长时间通风去水为主。
4.控制方式
覆膜发酵过程可选用参数控制、节点控制等控制方式，参数控制方式宜选择温度-氧气浓度联动控制，节点控制方式可选择时间节点控制、温度节点控制以及时间-温度节点联动控制。
5.去膜
覆膜发酵周期一般应大于20d，判断腐熟度。终止覆膜发酵时，发酵物料不再升温，去膜，堆体无臭味、颜色为灰色、灰褐色或黑色。
二次发酵
若需要进一步提高堆肥产物的腐熟度，可将堆体移出覆膜发酵区继续堆置15d～30d，中间翻堆1~2次。二次发酵也叫陈化或后腐熟，过程包括降温期。二次发酵过程中，严禁再次添加新鲜的堆肥原料。含水率宜控制在40%～45%。为减少养分损失，物料温度宜控制在50℃以下，可通过调节物料层高控制堆温。
二次发酵周期一般为15d～30d。发酵终止时，腐熟堆肥应符合下列要求：
a）外观颜色为褐色或为灰褐色、疏松、无臭味、无机械杂质；b）含水率宜小于30%；
c）碳氮比（C/N）小于20：1；d）耗氧速率趋于稳定。
按照通风方式分类
目前世界上采用的堆肥方法主要是高温好氧堆肥，它基本上可分三种类型：静态强制通风法堆肥、间歇翻堆强制通风法、连续动态强制通风法。各种方法的目的都以使垃圾达到无害化为指标，经充分腐熟，作肥料使用。各种方法的选择由垃圾的组成和地方的投资能力而决定。