冷藏集装箱的货物检查，在装箱之前应对冷藏水果和蔬菜的温度以及冷冻货物的中心温度进行检测。还应检查水果和蔬菜是否存在比如发霉、枯萎、脱水、萎蔫、褪色、软点、破皮和脱皮、擦伤、冻伤和发臭等冷藏前的损坏。对于冷冻货物还应检查其是否有脱水、干燥、移位、发臭、黑斑和颜色改变，以及是否有因温度升高解冻后又重新冷冻的迹象。还应检查纸箱、托盘和其他包装物状况是否良好，是否能够在整个海运过程中保护货物状况。
冷藏集装箱根据制冷方式分类
(1)外置式冷藏集装箱。无制冷装置，箱体隔热结构良好，箱端处有软管连接器，可与船上或陆上冷冻站的制冷装置连接，供给箱体冷源。
(2)内藏式冷藏集装箱。箱体设有制冷装置，由船上或陆上电源供电，或自备发电机供制冷装置运行使用，以向集装箱供冷。
(3)冷冻板冷藏集装箱。利用冷冻板低温共晶溶液进行蓄冷并向集装箱提供冷源。
(4)液氮或干冰冷藏集装箱。利用液氮喷淋或干冰向集装箱提供冷源。
(5)气调冷藏集装箱。利用控制集装箱内空气中的氧、二氧化碳和乙烯等气体的浓度，抑制果蔬的呼吸和催熟作用，并把向内温度降至所需贮藏温度的一种特种冷藏集装箱。
人们常用二手冷藏集装箱运输和保存易腐蚀货物（蛋白质制品或新鲜水果和蔬菜）。在日常使用中，很多人称它为“冻柜”，误认为它跟家用冰箱一样，可以在短时间内完全冷冻货物并长时间保持。实际上，这种认知是错误的，只对了其中一半。