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化石可以根据其保存特点分为以下几类:
‌实体化石‌:如‌恐龙骨骼化石。
‌模铸化石‌:生物遗体留下的印模。
‌遗迹化石‌:如‌恐龙脚印、‌粪便等。
‌分子化石‌:保存下来的生物分子。

变化为石。 元 郑元祐《次韵刘宪副春日湖上有感》诗:“鹤老离巢松化石,鸾孤照水竹穿沙。” 明 刘基《双带子》曲之四:“天上星辰能化石,黄河千岁也还清。”;典出《初学记》卷五引 南朝 宋 刘义庆《幽明录》:“ 武昌山 上有望夫石,状若人立。古传云:‘昔有贞妇,其夫从役,远赴国难,携弱子饯送北山,立望夫而化为立石,因以为名焉。’” 明 何景明《结肠赋》:“泪陨血而崩城兮,身立枯而化石。” 明 张煌言《得友人书道内子艰难状》诗:“渐来应化石,遮莫但飞蓬。” 苏曼殊《无题》诗之七:“分明化石心难定,多谢云娘十幅笺。”

通常如肌肉或表皮等柔软部分在保存前就已腐蚀殆尽,而只留下抵抗性较大的部分,如骨头或外壳。它们接着就被周围沉积物的矿物质所渗入取代。许多化石也被覆盖其上的岩石重量压平。


有胚植物现知古老的生痕化石源自于奥陶纪,虽然此类的化石是零碎不全的。到了志留纪才有完整个化石被保留下来,包括石松门的“刺石松”。泥盆纪之后,莱尼蕨门的详细化石在此时期被发现,此化石显示出了其植物组织的单一个细胞。泥盆纪时亦出现了被认为是古老树木的植物“古羊齿属”,此类植物在其树干上有蕨叶,但此蕨叶不会产生孢子。


煤系地层是生存于古生代时的植物的化石的主要来源。煤炭矿是采集化石好的场所,而且碳本身便是化石植物的残留,虽然植物化石的结构细节很少会留在碳中。在苏格兰格拉斯哥维多利亚公园中的化石森林里,有发现鳞木的树干。


舌羊齿属等种子蕨的化石广泛分布在南半球的数个大陆中,此一事实支持了阿尔弗雷德·魏格纳所提出的大陆漂移学说。

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