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化石可以根据其保存特点分为以下几类:
实体化石:如恐龙骨骼化石。
模铸化石:生物遗体留下的印模。
遗迹化石:如恐龙脚印、粪便等。
分子化石:保存下来的生物分子。
早可以被明确归类于植物界的化石是在寒武纪时的绿藻化石。这些化石像是绒枝藻目钙化了的多细胞成员。更早的前寒武纪化石中有发现像是单细胞绿藻的化石,但依然不确定是何种藻类。
煤系地层是生存于古生代时的植物的化石的主要来源。煤炭矿是采集化石好的场所,而且碳本身便是化石植物的残留,虽然植物化石的结构细节很少会留在碳中。在苏格兰格拉斯哥维多利亚公园中的化石森林里,有发现鳞木的树干。