增加花量，减少假花。矮化苹果苗花芽生理分化，后期形态分化得不到足够的营养供应，分化差，不开花，花芽分化从短枝停止到春季长时间萌发，因此，秋季施肥能够营养储备充足，这一点十分重要。
矮化苹果苗在萌芽后，每二到三周对其使用一次氮磷肥，苗木入夏后，主要施用含有磷钾元素的肥料，可促进苗木花芽分化。当苗木进入花期时，这个阶段应停止追肥。入秋后在对苗木进行追肥，一直到地上部分全部枯萎后在停止，确保苗木根部的养分充足，这就会增加苗木的抗寒能力，对第二年生长至关紧要。
无土育苗技术的应用为了避免在移栽中根系矮化、运输和定殖伤害根系的问题，可以采用无土育苗新技术，如采用穴盘育苗，苗木根系相对发达，配合苗木托盘运输，苗木在运输和幼苗根系的危害时不会有太大的问题，这是商品化矮化苹果苗木的一种很好的育苗方式，也是一种常见的根系保护方法。
在将矮化苹果苗装入营养钵前，先将营养钵适当浇水。如果苗木种植在床土上，那么在运输苗木时，苗木应该有营养土。