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粪肠球菌也是宠物可以补充的菌种。粪肠球菌具有保护屏障功效。粪肠球菌可在肠道上皮细胞上形成生物膜，保护肠上皮细胞免受有害物质侵袭；粪肠球菌菌体含多种小肽，能促进氨基酸及残基的吸收，提高组织蛋白的合成，具有营养功效；粪肠球菌可产生物质，如细菌素，通过抑制蛋白质和DNA等大分子物质的合成致使细胞死亡，起到杀菌作用；粪肠球菌还可产生具有广谱抗菌特性的细菌素，对假单孢菌、沙门菌及志贺氏菌有较好的抑制作用，能够有效抑制李斯特菌和金黄色葡萄球菌生长。宠物补充粪肠球菌，可以改善肠道内微生态平衡，防治肠道菌丛区系紊乱；增强巨嗜细胞的活性，促进反应，提高抗体水平；分解蛋白质为小肽、合成B族维生素；在肠道内形成乳酸菌屏障，抵御外来病菌病毒及霉菌毒素等的副影响；粪肠球菌还能把部分蛋白质分解成酰胺和氨基酸，把大部分的碳水化合物的无氮浸出物转化为L型乳酸，可以对钙质合成L-乳酸钙，促进养殖动物对钙质的吸收；软化摄入的纤维，提高饲料转化率；能产生多种抗菌物质，对宠物体内常见的致病菌具有良好的抑制作用。
"丁酸梭菌又名酪酸菌，丁酸梭状芽孢杆菌，丁酸菌，应用于宠物益生菌产品中。丁酸梭菌能促进有益的双歧杆菌、乳酸菌、拟杆菌的增殖和有效的抑制引起疾病的葡萄球菌、念珠菌、克雷伯菌、弯曲杆菌、绿脓杆菌、大肠杆菌、痢疾杆菌和伤寒沙门菌以及腐败菌的繁殖，从而减少了胺类、吲哚类和硫化氢等有害物质的发生；丁酸梭菌在宠物肠道内能产生B 族维生素、维生素K、等物质，具有保健作用；在肠道内能产生淀粉酶、蛋白酶、糖苷酶、纤维素酶，双歧杆菌等乳酸菌的生长；代谢产生丁酸，对肠道上皮组织的再生和修复有很重要的意义。
丁酸梭菌或与双歧杆菌、益生元等合用，对于因菌群失调而引起的急慢性腹泻、肠易激综合症、抗生素相关性肠炎、便秘等症状有良好的疗效，对于肠炎、肝硬化和放疗、化疗造成的功能下降也能起到辅助的治疗作用。还能促进维生素E的吸收，降解胆酸和提高抗氧能力；同时，丁酸梭菌能分泌胞外多糖及信号肽，从而激活宠物的系统，，并降解肠道内积毒素，具有抗应激的作用。"
宠物益生菌中的长双歧杆菌，可以帮助宠物维持肠道菌群平衡，有助于解决肠胃问题，如拉稀和便秘。当肠胃有害菌压制益生菌时，补充长双歧杆菌可以抑制有害菌的繁殖，促进宠物肠胃恢复健康；也能促进食物消化和营养吸收，有助于宠物的生长发育；而且能增强宠物的力，调节系统，有助于预防和治疗多种疾病；同时，可以帮助宠物维持压力，防止肠道病原体引起的感染；还对控制过敏性疾病以及肥胖也有一定的作用。