制冷机组相当于冷藏车的心脏，分为立机组和非立机组，也有国产机组和进口机组不同的品牌，价格也相差，制冷效果也是各有所长。制冷机组的选择主要根据运输的货物储存的温度，保温箱的尺寸大小，运输的距离长远，核算温度流失的情况等因素选择合适的制冷机组。
非立式制冷机组价格便宜，维修方便。但此种机组本身没有动力装置，靠汽车发动机带动压缩机工作；受汽车发动机工作状况的影响且性能不如立机组。
冷藏车的制冷机组用于温度的调控，而厢体的作用是用于温度的保持。如果说制冷机组是能量的提供者，那么厢体就是能量的储存者。在冷藏车的三大部件中，制冷机组和保温厢体是重要的，去除底盘可以作为小型的保温、冷藏库。