由于传热温差不同，在相同的室外环境条件下，风冷式冷水机运行的冷凝温度要比水冷式的高，因此在制冷量一样的情况下，风冷式冷水机组的耗电量会更高一些。从能效上来说，通常水冷式机组要比风冷式机组的制冷量要高出300~500 Kcal/h。风冷式冷水机组避免了水质过差地区造成冷凝器结垢、水管堵塞的问题，并节约了水资源。但其使用的翅片式冷凝器的换热效率受灰垢积聚的影响较大，散热翅片管前须设置滤尘栅网，并且需要定期清洗。
风冷式冷水机组在使用和后期维护中可能需要补充一定量的循环水，所以安装位置应当考虑有自动补水的水源，以及设备检修时可以方便地将循环水排出；如果风冷式冷水机采用的是手动补水的方式，则只需考虑设备的排水问题就可以了。应当尽量减少风冷式冷水机与被控温设备的距离，这样的好处是可以减少冷冻水在管路中的压降和冷量损失，而且机组没有远程控制功能时方便操作设备。
风冷式冷水机组所的配套设施是冷冻水泵、分水器以及集水器。但是水冷式冷水机组却是机房、冷却塔(冷却冷冻水泵)、集水器和分水器。很明显的水冷式冷水机比风冷式冷水机多出了几件设施。因为而在前期投资上，风冷式冷水机明显优于水冷式冷水机。机械的运行是使用电的，那电费就是可比较的量了。也就是说应当明确知晓机组运行效益与消耗电量。除此之外，运行必有维修，维修的费用也是加以比较的，上面就说了风冷式冷水机机械部件比水冷机械部件少，在这一方面维修费风冷式冷水机的确是少于水冷式冷水机的。