选择杀菌锅时一般考虑以下因素:
根据产品的特点,选择杀菌温度。食品杀菌大多选择高温杀菌锅，温度可以调节控制，食品温度一般在108℃，118℃，121℃等。
根据产品品种的多少和产量大小，选择容量，单锅、上下罐双层，以及两台或多台并联式杀菌锅小型企业可选用单台蒸汽杀菌锅，或上下罐电加热（电汽两用）杀菌锅。大型企业则以多台单锅并联运行更为经济合理。
根据企业的经济能力，选择普碳钢杀菌锅，还是全不绣钢制杀菌锅，以及手动、半自动、全自动杀菌锅。
食品企业在合理选择杀菌锅时，要根据实际情况，除以上几点外，还要考虑杀菌温度的精度要求，是否需要保存历史记录，以及本公司的能源，供水供气和蒸汽的实际状况，综合考虑。或者按实际要求设计配管，更能做到经济实用，安全可靠。
二手碳钢杀菌锅生锈处理的方式：碳钢自身就是容易生锈的，可以喷漆，不要存水，用完水后要及时将水放出来。
在杀菌时，由于加热使罐头温度升高，罐头内压力会超过罐外（在锅内）的压力。因此，为了避免杀菌时玻璃瓶罐内增压而跳盖，对马口铁罐两端面凸出，施加反压力，特别是对需要较高杀菌温度的肉类罐头更就如此。
电汽两用杀菌锅汽源可由电或蒸汽来供给，用电时可预先设定到所需要温度，通过电接点压力表进行自动控温，低于一定温度时可自动加温，从而确保了在杀菌时温度的准确性。用蒸汽时可通过锅炉蒸汽直接进行升温杀菌。