冷藏集装箱应注意，温度读数的增加不会立即影响货物的实际温度，也不意味着制冷机组处于不稳定状态。除温度外，电子数据记录通常显示除霜间隔和持续时间。如果装载温度超过设定温度，制冷装置将自动将货物温度降低到所需的温度水平。如果货物已经解冻，制冷机组将尝试降低货物的温度，但将继续频繁解冻。
随着现代化集装箱码头在世界各地的新建和集装箱码头基础设施和设备的不断完善，门到门的冷藏集装箱运输为食品冷链运营提供广阔的发展空间。因为满载食品、水果或者果汁的冷藏集装箱可以直接从农场、果园或者加工厂开到超级市场仓库或者配送中心，而拥有自足或者电力供应系统的冷藏集装箱本身也是冷藏食品的临时仓库，在远洋货轮、火车、驳船或者卡车上远途运输，尤其是现代化集装箱船可以把大批水果冷藏箱从拉丁美洲，长途跋涉地运到远东，中东、北美和欧洲等地区。
机械式冷藏集装箱也有一些缺点：如设备复杂、初始投资大、维修费用高；箱内温度梯度要大于液氮冷藏集装箱；箱内需设风机、风道系统，会增加箱内货物的干耗、脱水。
冷藏集装箱的水果的低设定温度通常不低于-1.1℃（30°F）。相反，冷冻货物通常被认为是“惰性(inert)”货物，一般在-18℃（0°F）或更低温度下运载。既然冷藏和冷冻货物都是易腐烂的，注意确保这类货物以佳状态交付。对于冷藏货物，除了有限的几种例外情况（比如肉，巧克力，胶片，化学物品，奶制品，人工气调储藏运输货物）外，其通风设备通常要保持开启状态。
冷藏集装箱优点：
1、冷藏集装箱装载容积利用率高，营运调度灵活，使用经济性强。
2、冷藏集装箱使用中可以整箱吊装，装卸，运输费用相对较低。新型冷藏集装箱结构和技术性能更合理，有广泛的适用性。
3、冷藏集装箱在一定条件下。可以当作活动式冷库使用，以调节市场供应，给营销者带来良好的经济效益。
4、冷藏集装箱可用于多种交通运输工具进行联运，中间无需货物换装，而且货物可不间断地保持在所要求的低温状态。
5、对国内和国际间的“冷链”运输，可以从产地到销售点，实现“国到国”直达运输，为各类食品的新鲜度，提供了佳贮运条件。