财务软件需要到财政局备案方可使用，有的代理记账单位没有采用财政部批准的财务软件来替代手工记账。 会计资料交接麻烦、不够规范。代理记账单位在接受委托单位的会计原始凭证及资料时，没有办理交接手续，发现遗失或毁损时无法查找。 代理记账单位通常是定期或定时上门服务，日常业务可通过电话沟通，会计不是随时在单位办理和咨询业务
代理记账业务收费标准混乱。在收费标准上，各家代理记账机构悬殊较大，有些代理记账机构甚至通过进行恶意竞争，还有部分代理记账机构自身的经营收入核算不规范，隐匿收入现象也较普遍。
公司旧账、乱账怎么整理 1、收集整理资料 （1）企业纳税基本户； （2）企业商品销售成本结转方法； （3）公司开户银行、账号； （4）公司股东及出资比例； （5）公司税款缴纳情况； （6）企业纳税漏报欠缴情况； （7）企业科目余额表； （8）企业会计报表； （9）企业纳税申报表； （10）企业固定资产折旧年限及折旧率； （11）清理旧账会计期间的原始凭证、记账凭证、总账、明细分类账； （12）公司营业执照复印件； （13）公司详细地址、联系电话； （14）企业原有审计报告。 2、进行公司旧账整理 （1）将收集好的企业会计凭证、总账、明细账、会计报表等各项资料和文件进行一一的核对和整理，确保各项资料正确无误，是否正确。 （2）根据企业的各个经营业务的会计处理进行检查，确保企业的各种成本费用的支出是否是正确的，以及各项的分摊是否是合理，确保没有问题。 （3）然后根据会计制度的规定的，对于企业的错误事项进行分类，然后根据不同情况进行调整和补充，确保无误。 （4）重新分摊企业的各项成本，结转损益，然后对企业各个资产进行盘点，形成新的资产报表、利润表，然后再进行核对确认，终给企业经营者和管理人员提供相关数据和建议。