为提高冷却效果，整个冷冻集装箱的箱壁、箱顶和箱底内部，都铺有绝缘材料。冷冻集装箱工作的温度在－28℃＋26℃之间，根据货种的需要，可自动调节。保温集装箱主要用于装载水果、蔬菜等鲜货，一般是用干冰等冷却剂，防止箱内温度过度上升，通常的保温时间为72小时左右。
进行配载时，要达到如下要求： （1）船舶纵断面的强度和船舶的稳定性； （2）保持理想的吃水差，使其具有良好的操纵性和快速性； （3）合理地利用船舶的载重量和舱容； （4）集装箱在舱内完整无损； （5）要考虑便于装卸作业； （6）多港装卸时，对下面停靠港的装卸不要造成翻舱。
冷藏集装箱本身是没有冻结能力的。因此原则上在装载冷冻或冷却货时，一般在装箱前要求对货物进行预冷，使货物温度降低到给定温度以下，然后装箱。故正确地说，是一种带有制冷装置的，能把具有一定温度的货物保持在该温度下进行运输的绝热集装箱。在集装箱的海一陆联运中，为了率地发挥冷藏作用，要求冷藏集装箱在整个运输过程中使制冷装置能自动启动，以使箱内温度保持在温度上。