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有害生物防制员要知道控制的有害生物属于哪一类，主要识别的依据是什么。要准确鉴定物种有很好的生物分类学的基础知识，特别是昆虫分类学的基础。对于有害生物防制员来讲，不要求系统地掌握生物分类学的基础理论，主要是根据一些外部形态特征、发生的环境等来判别是属于哪一类有害生物或是哪一种有害生物即可。
一般生物的分类，别叫做“界”，例如动物界。界下边是“门”，再下依次为“纲”“目”“科”“属”和“种”。例如，昆虫属于：动物界，节肢动物门，昆虫纲。昆虫纲的生物主要特征为：身体分为头、胸、腹3段，在胸上有3对足，一般具有2对翅(有些从表面上看退化为1对翅)和1对触角。蜱螨类具有4对足，身体一般分为2节，很容易与昆虫区分开来。鼠类有2对足，不是节肢动物，和昆虫、蜱螨类是完全不同的。

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蚊类、蝇类、蜚蠊、螨类、鼠类等是对公共卫生影响大的几类别有害生物，许多疾病都是由这些有害生物传播的，称为“病媒有害生物”。由病媒有害生物传播的疾病有疟疾、流行性斑疹伤寒、鼠疫、黄热来病、丝虫病、登革热、各种病毒性脑炎病、传染性结膜炎、霍乱、夏氏病、恙虫病、疥疮、立克次体痘、蜱传播回归热、落矾山斑疹热、土拉是菌病等。
有害生物(例如蜚蠊、尘螨等)作为过敏源，近这些年来得到了证实，全世界大约有17%的人受到了影响。引起哮喘的主要的过敏源让就是一种尘螨，其次是蜚蠊(小蠊属和大蠊属的蜚蠊)。对尘螨的超过敏性是一个世界范围的问题。

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除鼠类外，常见的有害生物多数属于昆虫纲和蛛形纲。昆虫纲可以分为33个目(不同的分类系统总的目数会有些差异)，其中与有害生物防制员这个行业相关密切的有双翅目(如家)、蜚蠊目(如德国小蠊)、蚤目(如跳蚤)、虱目(如体虱)、半翅目(如臭虫)、膜翅目(如蚂蚁)等。如图22所示为常见的有害生物。对于有害生物的识别，多数是利用体表的形态结构特征，有时利用内外生殖器的特征。一般分目主要是利用翅、足、口器(就是害虫的口)、体节、触角等的形态特征，些重要的昆虫生态学特征参见表22。

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中国鼠类近200种，大小不一，外形各异，但全身均可分为头、胸、腰、尾5个部位。
鼠类头部多狭长，吻端尖出或钝圆，嘴旁有须。耳和眼的发达程度差别较大。颈部的分化在多数鼠种中显著。鼠类前、后肢各1对，随生态习性的不同，有的前肢发达，有的后肢有力。指、爪形状和数目因种而异，多为带爪的五指形，但变化较多，有的指下有肉垫或长毛。爪色有黑、黄、白。雌鼠有乳头3~6对，鼠蹊部有尿道、阴道和肛门开口。雄鼠只有尿道口和肛门两个小孔，且相距较雌远。多数啮齿动物有尾，尾的长短、形状、毛量和毛长各种不同。少数尾短甚至没有。

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鼠毛多为灰黑色和灰褐色，也有黄褐、棕褐、红褐、红棕、沙灰以至棕色。有的鼠种腹、背两色；有的背部有纵纹；有的腹面有白斑。
鼠体的测量规定是：体长一从吻端到肛门；尾长一从肛门到尾端，不包括尾毛；耳长—耳壳基部缺口处到耳壳顶部，不包括耳毛；后足长—由跟关节到长趾的末端，不包括爪。以上测量常用于鼠种鉴定。头骨是鼠种鉴定的重要依据，包括颅骨和下颌骨两部分。颅骨应从颅背部、颅后部、颅侧部和颅腹部观察。在一对下颌骨上，长有下门齿和下前白齿、下白齿。下颚凭关节突与颅骨下颚关节突相接，关节突之前有喙突，后下方为角突。
牙齿也是鼠种鉴定的重要依据。啮齿目上、下各有1对门齿，兔形目则有2对前、后排列的上门齿。颊齿包括前白齿和白齿两部分，各鼠种颊齿数目和咀嚼面的形状不同，是鉴别的特征。牙齿数目以特定的齿式记载，以分数形式表示，分子表示上颚的一侧齿数，分母表示下颚的一侧齿数。如草原黄鼠齿式为：1、0、2、3/1、0、1、3=22,表示：上一侧有1枚门齿，没有犬齿，2枚前臼齿和3枚齿，共6枚。加另一侧6枚，上颚共12枚。同理，下颚一侧共5枚，加另一侧5枚，下颚合计10枚。上、下颚总计22枚。

蝇类属完全变态昆虫，生活史主要经历卵、幼虫(共3龄)、蛹、成虫4种虫态。大多数蝇类是卵生，但是也有少数种类例外，例如有些种类的麻蝇和一些家蝇科的种类胎生，直接产幼虫，舍蝇和蛹蝇组的种类产成熟的幼虫，幼虫产出后很快就会进入蛹期。家蝇以人类食品及废弃物为食，并以此传播各种疾病。除家蝇之外，还有许多种类的苍蝇也适于生活在人类的居住环境中，在这些环境中它们同样会导致类似的问题在眼疾扩散中，通常认为与家蝇有很大关系。肠胃传染病的传播与丽蝇及其他苍蝇有很大联系。