有机肥工业存在出产规模小、出产不安稳等问题，我国农业大学资源与环境学院教授李季说，现在有机肥工业技能落后、产质量量低质、商场需求缺乏，尚处于初级开展阶段，但远景非常宽广。而关于有机肥未来的远景问题，李季表明：“无论是果园、茶园仍是蔬菜大棚，推行有机肥代替化肥都具有共性。 而具体来说，蔬菜出产关于肥料和营养的需求更大，由于蔬菜出产灌溉频率高，对营养浓度和植物吸收功率的要求更高。寻求和益，化肥的运用不可或缺。所以有机无机混合上肥的形式或许更为理想。经过喷滴灌施用水溶肥合作沟施、穴施有机肥，能够有用改进土壤条件，前进肥料的归纳利用率。”
堆肥发酵反应器是一种集原料收集、存贮及发酵功能为一体的好氧发酵装置，适用于对环境要求较高的养殖场、园林废弃物处理厂、厨余垃圾处理厂、城市污泥及垃圾处理厂、豆粕、木薯渣及米糠等好氧发酵饲料加工厂等对畜禽粪便、厨余垃圾、生活污泥等进行高温好氧发酵。结构紧凑，占地面积小，无需建设厂房，自动化程度高，节能环保。原料发酵后的成品从下方的出料口卸出，用做农业肥料、土壤改良、园林绿化等。
目前，国内现有的一些畜禽粪便发酵技术普遍存在着发酵，远距离运输，集中处理高成本的问题。同时因为发酵工艺落后，占地面积大，发酵过程中因发酵工艺落后造成地下水的污染和因发酵不全产生的气味，使蚊蝇滋生对周围环境产生严重影响。同时发酵生产受气候影响严重，雨雪天无常工作，冬季因低温导致设备无法处理粪便的现象。发酵时间普遍长达1-2个月，耗费工作人员数量多。