反渗透系统的清洗方式通常有在线清洗和离线清洗。
在线清洗方法的优点是不用进行膜元件的拆卸，只需将膜清洗药剂运至清洗现场，直接操作即可；缺点是由于运行设备条件的制约，在线清洗是在原运行设备上通过单一化学作用将污垢清洗下来，有可能各支膜受到的污染程度不同，清洗时无法区别对待而使得清洗效果不够。
离线清洗是将反渗透膜从系统中拆出利用清洗设备进行清洗，通过物理和化学的共同作用达到清洗比较的目的，借助于洗膜设备的物理特性，再加上化学辅助作用使清洗进行的非常，而且几乎不会对膜造成的伤害。
因此一般对于污染较轻或初次清洗的系统建议采用在线清洗进行恢复，如果经在线清洗很难恢复正常运行状态，再采用离线方式进行清洗，并可对单支膜元件性能参数进行测试筛选评价。
四、反渗透系统清洗频率
当出现下列污染特征：标准化后产水量下降10～15%，标准化后产水水质下降10～15%，或者给水与浓水间的压降增加10～15%时，表明RO系统需要清洗了。
由于RO系统出现污垢而需要清洗的频率随具体情况的不同而不同，一般习惯上可接受的清洗频率是3～12个月清洗一次。如果每个月不得不清洗一次或以上，应该着重改善RO的预处理系统，调整RO系统的运行参数；如果每1～3个月需要清洗一次，则需要在提高当前设备的运行水平上做工作，但是否需要改进预处理系统将要进一步判断。
五、反渗透膜清洗剂的选择
通常需按特定的次序使用各种不同的清洗药品进行清洗，以获得的清洗效果。辟如使用低pH值的清洗剂除去水垢一类的物质，然后使用高pH值的清洗剂除去有机物。有时也会使用高pH值的清洗剂除去油类污垢，然后再使用一种低pH值的清洗剂。有些膜清洗剂中已添加洗涤剂，这将有助于清除污染严重的生物和有机杂质。还有些膜清洗剂添加EDTA之类的螯合剂，这些螯合剂有助于清除胶体、有机物、生物杂质和硫酸盐垢。记住，选用不正确的清洗药剂或清洗步骤不正确时，可能会使污堵更严重。
很多工厂使用反渗透阻垢剂，是因为它能提高产水量和水体的质量，从而降低成本。但是，很多人并不清楚怎样选择反渗透阻垢剂以及选择什么样的反渗透阻垢剂才能得到佳的效果。为此，笔者总结了几点选择反渗透阻垢剂的方法，供您参考。
，考虑水质。如果水质的变化比较大，要参照差的水质来选择反渗透阻垢剂。就反渗透阻垢剂的选择而言，水质变化不大，比较稳定的选择符合要求的就可以，尽量购买高纯度的产品。对于废水而言，其水质变化比较大，含有的污垢多，这时就要考虑购买多种成分的反渗透阻垢剂，利用各个成分的共同作用，达到净水的目的。反渗透阻垢剂的作用时间相对较短，所以要快速地反渗透阻垢剂和结垢离子作用。如果水体中杂质含量太高，也会影响反渗透阻垢剂的效果。
其次，考虑纯度。对于单一成分的反渗透阻垢剂而言，浓度越高稳定的区间就越狭隘;对于复合型的反渗透阻垢剂而言，每一个成分的稳定区间都各有不同，很难提高产品的浓度。另外，反渗透阻垢剂的浓度越高，存放时就越容易发生变化，杂质的含量也会增加。
除此之外，了解反渗透阻垢剂的种类对于我们选择反渗透阻垢剂也是非常有必要的。常见的反渗透阻垢剂有聚磷酸盐、聚羧酸等。每一种反渗透阻垢剂都表现出不同的除垢性能。近年来，也推出了不少无磷、没有任何环境污染的反渗透阻垢剂，目的就是减轻含磷的反渗透除垢剂带来的鱼虾大量死亡，海藻迅速繁殖的水体富养化现象。
反渗透设备关机时的方法不正确
A、关机时快速降压没有进行冲洗。由于膜浓水侧的无机盐的浓度原水,易结垢而污染膜。
B、用投加化学试剂的预处理水冲洗。因含化学试剂的水在设备停运期间可能引起膜污染。 反渗透设备在准备关机时,应停止投加化学试剂,逐步降压至3bar左右用预处理好的水冲洗10min,直至浓缩水的TDS与原水的TDS很接近为止。
反渗透设备消毒和保养不力导致微生物的污染
这是复合聚酰胺膜使用中普遍存在的问题,因为聚酰胺膜耐余氯性差,在使用中没有正确投加氯等消毒剂,加上用户对微生物的预防重视不够,容易导致微生物的污染。主要表现为:出厂时,RO设备没有采用消毒液保养;设备安装好后没有对整个管路和预处理设备消毒;间断运行不采取消毒和保养措施;没有定期对预处理设备和反渗透设备消毒;保养液失效或浓度不够。 反渗透设备余氯监测不力
如投加NaHSO3的泵失灵或药液失效,或活性炭饱和时因余氯损坏膜。清洗不及时与清洗方法不正确导致的膜性能的损坏
设备在使用过程中,除了性能的正常衰减外,由于污染而引起设备性能的衰减更为严重。通常的污染主要有化学垢,有机物及胶体污染,微生物污染等。不同的污染表现出的症状是不同的。不同的膜公司所提出的膜污染的症状也是有一定的差异。