在养殖鸽子的过程中，很多人都会觉得鸽子粪便不知道如何处理，有时也就只能随便堆放在一起，或者是放在田间，用作农家肥使用。其实鸽子的粪便是含有一定的蛋白质、氨基酸、维生素和微量元素，可除了作化肥还能用作饲料。
鸽粪可经发酵制成有机肥料或进一步制成有机无机生物配方肥（简称生物肥），带来很好的经济效益、生态效益和社会效益。鸽子粪经过处理后，可以用来喂猪、牛、羊、鸭等家畜家禽。废物利用，变废为宝，良性循环，既降低饲养成本又提高经济效益，节能环保，一举两得。
虽然鸽子粪对于人来说是一个大麻烦，但是在16-18世纪的欧洲却被当作无价之宝，当时鸽子粪被认为是比农家肥要有效的肥料。以至于会有武装警卫守护在鸽子窝的周围，防止小偷偷走鸽子粪。 不但如此在16世纪的英国，鸽子粪还是已知的硝石来源，而硝石是制作黑色火药的重要成分。在伊朗，食用鸽子肉是被禁止的，鸽子窝就是为了收集鸽子粪当作肥料种植瓜果，而在法国和意大利则用来培养葡萄和麻类作物。
鸽粪在发酵处理过程中，伴随着微生物的大量快速繁殖和一系列复杂的生化反应过程，微生物在繁殖过程中会产生大量的代谢物质（如酶、激素、抗生素，这些物质是生物体本身自然所产生的，不是外来的化学激素抗生素，只有好处而无任何毒副作用），其中激素可刺激作物快速生长发育；而抗生素则能明显抑制土传病菌的传播，提高作物抗病、抗逆性能。
一般情况下，鸽子粪需要经过发酵后再使用，不能晒千后直接使用，因为鸽子粪在土壤中发酵会产生大量的热量，导致植物烧根。如果想要直接使用，应当和作物的根系保持一定的距离。对蔬菜施肥，先挖一个深坑，然后用三明治法覆盖土壤。对果树施肥，先在果树周围挖环状浅沟，深0.1m，再将鸽子粪施入沟中，覆土。
鸽子粪发酵的原理
鸽子粪发酵的原理是利用有机物质在微生物的作用下，分解产生热能和气体，从而使得有机物质发生变化，变成适合植物生长的有机肥料。发酵过程中，通过控制温度、湿度、通风等条件，可以有效地杀灭有害菌群，提高有益菌群的数量和活性，增加有机肥料的稳定性和肥效。