厌氧水解和生物接触氧化工艺的结合使用能使污水中的有机物得到较大限度的降解，二氧化氯消毒系统则让污水的毒性大大降低至安全值以下。传染病医疗机构和结核病医疗机构污水处理宜采用二级处理+消毒工艺（或深度处理+消毒工艺）；综合医疗机构污水排放执行排标准时，医疗污水处理设备宜采用二级处理+消毒工艺（或深度处理+消毒工艺），执行预处理标准时宜采用处理或强化处理+消毒工乙。
污水处理设备的特点：污水处理设备工艺很多，可以采用化学工艺、物理工艺以及蒸发工艺或者采用组合工艺等。污水处理设备可以选择各种材料，根据水质情况可以选择钢制或PE聚乙烯的材料，也可以选择钛材等金属材质，可以具有较强的抗腐蚀性、等特性，从而拥有较长的使用寿命。污水处理设备同时还具备了自动系统，运行的时候更加可靠安全，日常使用中不需要人来操作，只需要等到出现报警提醒的时候来操作并解除报警就可以。污水处理设备安装方便，可以远程控制，不需要值守，节省人力。通过污水处理设备处理过的水质，可以回用也是没有任何副作用的，基本都能达标排放。
处理主要是去除污水中呈悬浮状态的固体物质，常用物理法。处理后的废水BOD去除率只有20%，仍不宜排放，还须进行二级处理。二级处理的主要任务是大幅度去除污水中呈胶体和溶解状态的有机物，BOD去除率为80%～90%。一般经过二级处理的污水就可以达到排放标准，常用活性污泥法和生物膜处理法。三级处理的目的是进一步去除某种特殊的污染物质，如除氟、除磷等，属于深度处理，常用化学法。
对于综合医院(不带传染病房)污水处理可采用“预处理→强化处理→消毒”的工艺。通过混凝沉淀(过滤)去除携带病毒、病菌的颗粒物，提高消毒效果并降低消毒剂的用量，从而避免消毒剂用量过大对环境产生的不良影响。医院污水经化粪池进入调节池，调节池前部设置自动格栅，调节池内设提升水泵。污水经提升后进入混凝沉淀池进行混凝沉淀，沉淀池出水进入接触池进行消毒，接触池出水达标排放。
现代污水处理技术，按处理程度划分，可分为、二级和三级处理，一般根据水质状况和处理后的水的去向来确定污水处理程度。 处理主要去除污水中呈悬浮状态的固体污染物质，物理处理法大部分只能完成处理的要求。经过处理的污水，BOD一般可去除30%左右，达不到排放标准。处理属于二级处理的预处理。 二级处理主要去除污水中呈胶体和溶解状态的有机污染物质（BOD，COD物质），去除率可达90%以上，使有机污染物达到排放标准，悬浮物去除率达95%出水效果好。 三级处理进一步处理难降解的有机物、氮和磷等能够导致水体富营养化的可溶性无机物等。主要方法有生物脱氮除磷法，混凝沉淀法，砂滤法，活性炭吸附法，离子交换法和电渗析法等。
整个过程为通过粗格栅的原污水经过污水提升泵提升后，经过格栅或者筛率器，之后进入沉砂池，经过砂水分离的污水进入初次沉淀池，以上为处理（即物理处理），初沉池的出水进入生物处理设备，有活性污泥法和生物膜法，（其中活性污泥法的反应器有曝气池，氧化沟等，生物膜法包括生物滤池、生物转盘、生物接触氧化法和生物流化床），生物处理设备的出水进入二次沉淀池，二沉池的出水经过消毒排放或者进入三级处理，处理结束到此为二级处理，三级处理包括生物脱氮除磷法，混凝沉淀法，砂滤法，活性炭吸附法，离子交换法和电渗析法。二沉池的污泥一部分回流至初次沉淀池或者生物处理设备，一部分进入污泥浓缩池，之后进入污泥消化池，经过脱水和干燥设备后，污泥被后利用。