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目前的生态厕所利用率多的是微生物菌种分解粪便的厕所，它利用其生长繁殖活动对粪便中可利用的大分子有机化合物进行生物降解并转化为菌体生物量。

第二代改进型生态厕所, 在代的基础上，根据国情改进成型的，特征是粪尿分离，大便直入主机，进行生物处理；小便引出主机进入其它系统处理排放。

粪污资源化
粪污中含有大量的有机物和丰富的N、P、K等肥效成份。通过特殊的处理回收手段，在粪尿无害化的同时，回收其中有效成份。