专项审计报告应包括以下主要内容： 一．说明部分 1．说明委托方名称（被审计企业名称）及委托目的（审计目的）； 2．说明会计责任、审计责任、审计依据。
基金项目合同及相关规定 1．项目申报时间、项目名称、合同签订时间、立项代码、取得创新基金资助金额及资助方式。 2．项目投资总额。 3．创新基金用途。 4．项目合同规定的各项经济指标情况。
审计类别及需要审计资料 A类 1、会计报表及附注; 2、全部账目; 3、会计凭证; 4、电子版科目余额表-1级至末级的期初、期末和累计发生额; 5、银行存款对账单、余额调节表; 6、房屋、车辆产权证明; 7、长短期投资，投资协议、被投资单位营业执照、被投资单位会计报表; 8、长短期借款合同 ; 9、固定资产折旧表; 10、存货盘点表; 11、纳税申报表及缴款书; 12、发票使用情况汇总表; 13、往来明细; B、审计备查资料类： 1、营业执照 、开户许可证; 2、税务登记证; 3、组织机构代码证书 (三证合一仅需提供营业执照); 4、公司章程、协议; 5、设立、变更验资报告; 6、以前年度审计报告; 7、财务会计制度及相关内部控制制度; 8、股东会、董事会重大决议等文件;