食品流通许可证，是对食品流通许可证的发放、发放条件、发放程序以及与食品卫生许可证的衔接等问题予以明确。
依据《人民共和国食品安全法》第三十三条 [1] 的规定，申请领取食品流通许可证条件主要是具有与经营的食品品种、数量相适应的食品原料处理和食品加工、包装、贮存等场所，保持该场所环境整洁，并与有毒、有害场所以及其他污染源保持规定的距离
直至2012年，通过严把食品经营准入关，我国食品经营主体素质有所提高，但仍然存在着总体数量较大，小、散、乱问题等问题。
对于食品流通经营者在2009年6月1日前已经取得《食品卫生许可证》的，原许可证在有效期内继续有效，自愿申请换证、原许可证载明事项发生变化或者有效期届满，食品经营者应当按照《食品流通许可证管理办法》的规定提出申请，经审核机关审核后，领取食品流通许可证。
申请食品流通许可证，应当提交下列材料：
《食品流通许可申请书》；
《名称预先核准通知书》复印件；
经营场所合法使用的有关证明；
负责人的身份证明；
委托书以及委托代理人或者代表的身份证明；
食品安全管理制度；
与其经营活动相适应的食品经营设备清单；
提供食品从业人员健康证和卫生法规培训证复印件； [3]
申请乳制品项目的经营者，还应提交开户行证明和书面声明等； [4]
专职或者兼职食品安全管理人员的身份证明（初中以上学历证明和培训合格证明）；
工商部门要求提交的其他材料。
办证：门槛将会大幅提高：据工商人员介绍，相比以前申领卫生许可证，办理“食品流通许可证”门槛将大幅提高。
作用：有望杜绝劣质食品：“食品流通许可证”上岗，原来的卫生许可证还能用吗？据工商执法人员介绍，“新老许可证换代尚需时日，如果经营者在6月1日之前已领取卫生许可证，原证可继续使用。但是，从6月1日开始，新开设的食品经营企业办理‘食品流通许可证’。”