冷水机组应安装在室内，不允许安装在露天场地或可能雨淋的地方，当贮存处冬季的环境温度低于4℃时，应放净冷凝器、蒸发器内的积水，以防冻胀破坏。应将冷水机组安装在坚实平整的地方，请按说明书作好基础，并在冷水机底架与基础间垫上一层12～20mm减震橡胶垫，冷水机组底架上设有地脚螺栓孔，用M16或M20地脚螺栓，将冷水机组底架固定到基础上，沿前后、左右方向校平冷水机机架。冷水机组周围应留有一定的空间，前后长度小为1500mm，左右长度小为2000mm，好在冷凝器长度方向多留些空间，供清洗冷凝器铜管之用；高度小为工业冷冻机组高度+2000mm，以便压缩机的拆卸与安装。
由于分体式冷水机的室内机安装在室内，它的冷凝水排除是依靠水的重力自行流出的，因此冷凝水的排水管沿着排水方向有一定的坡度利于水的排出，如果坡度不够，甚至排水管口冷凝水盘出水口，这就会造成冷凝水排水不畅，甚至出现溢出的情况，故安装过程中一定要注意。
从膨胀箱或从泵吸入端(需用泵)装入载冷剂，直至规定的液位。如果用户购买的冷水机使用的载冷剂为溶液，不可将固体溶质投入膨胀箱，应将低浓度的溶液放出一部分，然后将预先调制好的较浓的溶液，从膨胀箱加入系统，直至浓度负荷要求为止。如果冷水机采用的是乙二醇及丙三醇等液体则可直接加入膨胀箱，并使其在系统中溶解，直至溶液浓度合适为止。