每个冷藏集装箱在交付使用前应对箱体、制冷系统等进行全面检查，冷藏集装箱清洁、无损坏、制冷系统处于佳状态。经检查合格的冷箱应贴有检查合格标签。根据不同易腐货物应确认下述事项：佳温度设定;新鲜空气换气量设定;相对湿度设定;运输总时间;货物体积;采用的包装材料和包装尺寸;所需的文件和单证等。
现如今，随着经济服的发展，国际间贸易愈发频繁，冷藏集装箱也凭借着其装载容积利用率高，营运调度灵活，使用经济性强，货物运输温度稳定，货物污染、损失低，适用于多种运载工具，装卸速度快，运输时间短，运输费用低等特点在国内外冷藏运输中应用越来越广泛。
根据冷冻货物、保鲜货物、一般冷藏货物、危险品的特点，在冷箱内的堆放方式也有所不同。冷冻货物、一般冷藏货物、危险品等。由于货物本身不发热，且在包装前已预冷到设定的运输温度，所以堆码方法非常简单，只需将货物紧密堆码成一个整体即可。货物的外包装之间以及货物与箱壁之间不应有缝隙。但是，装载的货物应该低于红色装载线。只有这样，冷空气才能均匀地流过货物，货物达到所需的温度。生鲜商品由于呼吸作用会产生二氧化碳、水蒸气、少量乙烯等微量气体和热量。