财务软件需要到财政局备案方可使用，有的代理记账单位没有采用财政部批准的财务软件来替代手工记账。 会计资料交接麻烦、不够规范。代理记账单位在接受委托单位的会计原始凭证及资料时，没有办理交接手续，发现遗失或毁损时无法查找。 代理记账单位通常是定期或定时上门服务，日常业务可通过电话沟通，会计不是随时在单位办理和咨询业务
代理记账业务收费标准混乱。在收费标准上，各家代理记账机构悬殊较大，有些代理记账机构甚至通过进行恶意竞争，还有部分代理记账机构自身的经营收入核算不规范，隐匿收入现象也较普遍。
清理乱帐所需的资料：会计账簿、财务报表、会计凭证、财务制度及其他相关资料。 1、会计基础工作检查：主要检查会计凭证的会计科目应用是否正确、会计账簿的登记是否合规、会计凭证的原始单据是否充分等； 2、清查资金：主要是盘点库存现金及银行存款，并出具现金及银行存款盘点表。方案； 3、清理往来款项：主要是清查应款、其他应收款、应付账款、其他应付款等科目余额。并编制应收、应付款明细账； 4、清理固定资产：主要是清点实有固定资产并登记固定资产卡片； 5、清理库存商品：主要是盘点库存商品实物，结合账面余额进行会计技术性调整； 6、清查营业收入：主要是逐年逐月核实营业收入及成本、费用的各项数据并据此清查有无欠缴税款。