在二手冷藏集装箱制冷装置运行过程中，蒸发器盘管上会形成冰层，这取决于设定温度、货物温度、通风装置的新风量和货物湿度。制冷装置会定期进入除霜状态，一系列电加热装置会产生热量或向蒸发器盘管内吹入热空气。此时所有风扇将停止旋转，以防止热空气进入货舱。但是，由于回风温度传感器位于制冷机组附近，因此可能会记录温度升高。因此，除非经过数据记录软件处理，否则温度记录会显示与除霜间隔一致的周期性温升。如果除霜时间很短，每小时的温度读数和除霜时间可能会有一些差异。
除了冷藏集装箱货物的设定值以及送风和回风的温度之外，温度控制系统还以错误代码的形式提供有关系统问题的详细信息。美国农业部检测器可以记录货物的温度，该检测器的安装符合美国农业部水果运输的冷藏处理程序。托运人放置在货物中的数据记录器也将记录一般温度。当制冷装置出现故障时，温度显示和数据记录会显示一个逐渐稳定升温直至达到环境温度值的过程。同样，传感器只记录空气温度，不记录货物温度。货物将受到周围隔热材料的保护，以防止它们受到外部空气温度的影响。
二手冷藏集装箱在运输中的重要部分不仅仅是运输。为了运输质量效果，要检查其功能，注意不要在运输中损失货物。冰箱装船后，要检查冷藏或冷冻货物的原始质量，并在订单上说明。包装过程中要严格遵守装载原则，以防止冷风短路引起的冷却不平衡，降低冷却装置的冷却效率。长途运输时，箱内设置温度和实际温差不能太大。运输新鲜水果、蔬菜等要及时打开通风孔进行通风。