对经济特区内生产企业申请自荐进出口经营权试行自动登记制，经济特区的生产企业，注册资本200万元以上，并已投入生产，均可向当地外经贸主管部门申请登记，外经贸主管部门应在15个工作日内对符合条件的生产企业予以登记，即取得出口自产产品和进口生产所需的机械设备、原辅材料的进出口经营权，可按规定到海关、商检、外汇、工商、税务等管理部门办理有关手续。生产企业在申请自营进出口权的过程中，对外经贸主管部门的决定不服，可根据《行政复议条例》向外经贸部申请复议。
对经济特区内除生产企业以外的其他企业申请进出口经营权，试行由外经贸部总量控制，经济特区自行审批的办法。即：在外经贸部重新核定各经济特区现有具有进出口经营权的企业（以下简称外贸企业）数量的基础上，按照外贸企业总数和一般贸易出口创汇规模挂钩的原则，各经济特区一般贸易出口创汇总额每增加1亿美元或一般贸易年出口创汇增长率每增加5%，可增加1家外贸企业。各经济特区外经贸主管部门按照外经贸部规定的必要条件和标准，自行审批在经济特区内从事进出口业务的外贸企业，并报外经贸部备案。外经贸部已核准五个经济特区1996年的总量为2013家。
只要是具有较强的技术及技术产品研究开发能力，并在科技成果商品化、产业化方面取得实绩，申请进出口权前两年，委托代理出口平均创汇额不低于30万美元的科研院所，经国家科委推荐，外经贸部即受理其进出口经营权的审核、批复工作。
在收到各地方、部门申报文件后，提出初审意见告国家经贸委和外经贸部。国家经贸委对部门及地方申报的企业进行审查，将符合条件的企业的审查意见送外经贸部，由外经贸部予以审核批复。
授予供销合作社企业进出口经营权的目的是加快供销合作社的对外开放，强化供销合作社为农业、农村和农民服务的功能，推动中国农业的产业化，提高农产晶的附加值，发展创汇农业，促进农村经济全面发展。
申报及审批程序：
供销合作社进出口经营权由各省、自治区、直辖市及计划单列市外经贸委（厅、局）和供销合作社联合社联合向外经贸部和全国供销合作总社申报。全国供销合作总社收到申报文件后向外经贸部推荐，由外经贸部审核批复。全国供销合作总社直属企业进出口经营权，由总社直接向外经贸部申报。