冷藏集装箱租赁的程租包含单越租用和来往返租用二种方法。在其中单越租用多条航道上去往返一手货源不平衡的状况，即从起运港空运提单单趟应用海运集装箱；来往返租用则一般用以来往返有较均量的航道。
冷藏集装箱装货后应检查冷藏或冷冻货的原有质量，并在货单上加以说明。在装箱过程中，应严格装货堆码原则，避免冷风短路造成降温不平衡，降低制冷装置的制冷效率。长距离运输时，箱内设定温度与实际温度差不能过大。运送新鲜水果、蔬菜等，应及时打开通风口，进行通风换气。
对冷藏集装箱的内部、外部和底部结构进行检查，检查其是否有损坏。如果有损坏，将会影响制冷或保温效果。还要确认冷藏集装箱的箱型。一般保鲜货品的冷藏温度要求在0℃以上。