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微波杀菌是利用了电磁场的热效应和生物效应共同作用的结果。微波对细菌的热效应是使蛋白质变性，使细菌失去营养、繁殖和生存的条件而死亡。微波对细菌的生物效应是微波电场改变细胞膜断面的通透性能，细菌因此营养不良，不能正常新陈代谢，细菌结构功能絮乱，生长发育受到抑制而死亡。此外，决定细菌正常生长和稳定遗传繁殖的核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA），是由若干氢键松弛、断裂和重组，从而诱发遗传基因突变，或染色体 嘁畸变，甚至断裂。

本系统是电—气混合型温度自动控制系统，由温度一次传感元件(铂热电阻Pt100)、一体化温度变送器、下位机(可编程序控制器)、上位机、电磁阀、气动薄膜阀、打印机、压缩空气过滤减压阀、压力变送器、气路等组成。

在可编程控制器内，各温区输出信号与水泵联动，即只有当水泵工作，继电器闭合时，气动薄膜阀才能执行自动调节，否则，调节阀将自动关闭。此外，对杀菌恒温区和高温区而言，若生产线上的某一环节发生故障，输瓶机构停止工作，系统将根据停机时间的长短自动调节温度设定值，确保杀菌质量。