改良底质、除臭：主要是球状和破碎型颗粒的作用，此类用法的机理应该有两个层面的原因：，腐植酸钠的网状及多孔结构可以疏松土壤，改散底质的透气性；第二，腐植酸钠可吸附底层环境中的部分NH3及H2S，从而去除底泥的臭味，进而减少对环境的污染。据王内贵等人的研究，腐植酸钠可以吸收一部分氨气，从而降低其对肠道及外部环境的危害。从这一点可以考虑在水产养殖动物的后期大量使用配合饲料时，是否可以通过添加一部分腐植酸钠，以减轻含氮物质对环境的恶化作用。
腐植酸钠经一般毒性和特殊毒性试验证明安全,如腐植酸钠对大鼠口服LD50，12克/千克，用腐植酸钠对小鼠灌胃LD50，3150毫克/千克，犬口服大耐受量LD50，4克/千克。
腐植酸钠不但没有毒性而且还有作用，对重金属、马钱子碱等有作用，并可降低尿素毒性。
在农业方面，与氮、磷、钾等元素结合制成的腐植酸类肥料（例如：用氨中和腐植酸可制成腐植酸铵肥料），具有肥料增效、改良土壤、刺激作物生长、改善农产品质量等功能；硝基腐植酸可用作水稻育秧调酸剂；
腐植酸镁、腐植酸锌、腐植酸尿素铁分别在补充土壤缺镁、玉米缺锌、果树缺铁上有良好的效果；腐植酸和除草醚、莠去津等农药混用，可以提高药效、抑制残毒；腐植酸钠对治疗苹果树腐烂病有效。
腐殖酸微生物包膜复合肥（即：有机微生物包膜复合肥），是由北京正方向生物技术开发有限公司的一种新型高科技肥料，巧妙的利用尿酶抑制剂、硝化抑制剂等进行涂层达到缓释的效果，并成功的克服了微生物菌、复合肥不能相融的难题，综合了市面上所有产品的优点，效果一斤当两斤。