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X射线对人体组织能造成伤害。人体受X射线辐射损伤的程度，与受辐射的量（强度和面积）和部位有关，眼睛和头部较易受伤害。
　　衍射分析用的X射线（属“软”X射线）比医用X射线（属“硬”X射线）的波长长，穿透弱，吸收强，故危害更大。所以，每个实验人员都牢记：对X射线“要注意防护！”。人体受超剂量的X射线照射，轻则烧伤，重则造成放射病乃至死亡。因此，一定要避免受到直射X射线束的直接照射，对散射线也需加以防护，也就是说，在仪器工作时对其初级X射线（直射线束）和次级X射线（散射X射线）都要警惕。前者是从X射线焦点发出的直射X射线，强度高，它通常只存在于X射线分析装置中限定的方向中。散射X射线的强度虽然比直射X射线的强度小几个数量级，但在直射X射线行程附近的空间都会有散射X射线，所以直射X射线束的光路必需用重金属板完全屏蔽起来，即使小于1mm的小缝隙，也会有X射线漏出。